Naturplanerne er gennemgået med fokus på mulig synergi planerne imellem. Med de ind-satser, der er fastsat i vandplanerne i denne planperiode er der kun i Natura 2000-handleplanen for Vadehavet – delplan for Ballum Enge m.v. fundet indsatser i vandplanerne, der kan understøtte naturplanerne i denne planperiode.
I det omfang naturplanerne nødvendiggør indsatser, der er knyttet til vandområder, der ikke indgår i vandplanens indsatsprogram, vil indsatserne blive behandlet efter særlovgivningen, svarende til andre ansøgere.